(1) 航道整治理论与技术

内河航道整治新技术研究、河流航道模拟技术研究、测试自动化研究、三峡库区通航条件与规划研究、航道整治建筑物水毁机理及防护技术研究等。

(2) 港口码头新技术、新结构、新材料研究

高水位差码头结构型式和装卸工艺研究、投资省且建造容易的新型码头结构研究、多层带缆结构和浮式靠船结构研究、水库港设计理论和建造技术研究、山区河流码头结构可靠度研究、土工织物在内河港口码头中的应用研究等。

(3) 内河枢纽通航理论及应用

山区河流渠化枢纽总体布置及对通航条件影响研究、高水头船闸输水形式的适用条件与船闸输水系统水力学研究、水库泥沙淤积对通航影响研究渠化枢纽施工期通航研究等。

(4) 内河港口及水库环境综合治理

内河港口环境综合治理研究、库区水沙灾害治理研究、库区危岩滑坡等地质灾害研究、结构-水体-地基相互作用理论研究等。

(5) 岩土动力学及监控量测技术

岩土动力学及监控量测技术研究是以岩土动力特性理论研究作为基础，构建先进的监控量测技术，主要研究内容有：岩土动力学与地震工程，岩土波动理论与数字信号处理技术，岩土与结构动力相互作用，边坡和地下工程稳定性监控量测技术，岩土工程动静联合测试技术。

(6) 水土保持与生态工程

主要从事生物资源开发与保护，生态农业综合开发，环境评价、规划与管理，退化生态系统恢复与重建，土壤侵蚀与水土保持及3S技术应用等方面的研究。拥有水土保持方案编制资质证书（乙级）。