水利水运工程教育部重点实验室依托重庆交通大学，2000年被评为重庆市重点实验室，是西部地区唯一、全国高校规模最大的水利水运工程专业实验室。2007年被列为省部共建教育部重点实验室，2011年通过教育部专家组验收。以本实验室为基础，先后成功申报了“国家内河整治工程技术研究中心”、“水利工程”一级学科博士学位授予点、建立了博士后流动站及“重庆市院士专家工作站”。

实验室目前占地面积约160亩，新增试验场地400余亩。实验室下设航道工程、渠化工程、港工结构、枢纽通航、仪器设备、工程仿真、水工建筑物诊断技术、岩土工程等8个研究室。拥有港口海岸实验厅、航道整治实验厅等七个实验厅，实验厅总建筑面积约2.3万平方米，并拥有占地面积约4.5万平方米的大型露天实验场及大型清浑水供回水系统。拥有码头结构多通道动力加载试验系统、双屏声呐水下高清摄像系统（ARIS）、流速成像速度场仪（PIV），声学多普勒流速仪（ADV）、大范围表面流场仪、激光颗粒粒度分析仪、港航工程结构动/静态试验系统、港工结构地基多功能模型槽试验系统、Abaqus大型有限元软件、ANSYS及FLUNT大型软件等专用先进设备。实验室仪器设备总台套数量达到530左右。现有固定研究人员88名，其中教授（研究员）30名，副教授（副研究员）31名，具有博士学位的78人，具有海外留学经历的20人以上，具有新世纪百千万人才国家级人选、享受国务院政府津贴、交通运输部科技英才、重庆市学术技术带头人、重庆市巴渝学者特聘教授、重庆市有突出贡献的中青年专家等国家级和省部级人才20余人。实验室先后承担了“国家973项目”、“国家自然科学基金”、“国家科技支撑计划”、西部交通建设重大项目、教育部重点项目、省市重点科研项目和重大工程科研项目300余项，科研经费达1.48亿元，获得国家科技进步二等奖2项，省部级科研奖18项。

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