“长江航运工程与智能航道技术省部共建协同创新中心”于2013获批组建、2014年择优支持，2018年通过市教委综合绩效评估，2018年12月获教育部批准为省部共建协同创新中心。“中心”由重庆交通大学牵头，协同单位主要为我国水运交通建设的主要科研院校、高等学校和设计院。“中心”致力于承接国家重大战略需求，肩负长江航运绿色发展使命，通过体制机制及技术创新，构建长江航运工程与生态环境保护技术协同创新平台和创新人才培养试验区，破解制约长江黄金水道生态环境保护与绿色发展的重大关键技术瓶颈，提升我国内河航运科学研究、人才培养、服务社会三位一体创新能力。

“中心”构建了“绿色航道建养、枢纽通航与扩能、生态港口与物流、智能航道及航运服务与安全”等5个协同创新平台和1个创新人才培养试验区，5个创新平台共下设12个创新团队，汇聚了包括王光谦、胡春宏、倪晋仁、钮新强、严新平、胡亚安6名院士，6名国家级人才，30余名省部级人才在内的300余人。

协同单位间通过联合、共享等方式，建成了五大试验研究基地：重庆交通大学南岸研发基地（占地70亩）、重庆交通大学科学城研发基地（占地约450亩）、重庆交通大学大坪研发基地（占地约90亩），以及核心成员单位长江航运规划设计研究院的武汉研发基地（占地约50亩）和长江航道原型观测基地，可以实现基础理论研究、技术研发、模型试验、原型观测、技术验证等研究工作。