航道建设与生态保护重庆市重点实验室成立于2018年，由重庆交通大学、长江重庆航运工程勘察设计院和重庆交大国科航科技有限公司共同筹建。实验室立足航道整治和生态环境的传统特色优势，定位应用基础研究，紧密围绕内河水运生态文明建设的国家战略需求，通过系统深入的科学探索、技术创新和工程应用，服务国民经济持续快速发展和生态文明建设保护，为我国生态航道体系建设提供具有重大应用价值的理论成果和创新技术。

实验室以倪晋仁院士为实验室学术委员会主任，汇集2名国家百千万人才，10余名省部级人才在内的40余人。实验室拥有重庆交通大学南岸研发基地（占地70亩）、重庆交通大学科学城研发基地（占地约450亩），可以实现基础理论研究、技术研发、模型试验、原型观测、技术验证等研究工作。实验室仪器设备总数达300余台（套），总价值约3000万元，其中单价20万元以上的设备40台（套），约1000万元。

实验室主要研究方向为：（1）航运发展与生态保护协同理论，包括航道生态环境基准与环境容量，航运承载力计算方法与基础评价体系，航线规划与鱼类生境空间管理的协同理论，长江上游航运可持续发展理论。（2）河流生态动力过程及扰动机理，包括长江上游生境演替过程及鱼类种群变化机理，河流水沙过程与鱼类产卵过程模拟，敏感生物生态行为过程对关键生境因子的响应机制，航道建设对生态系统的扰动机理。（3）航道生态低影响建养技术，包括航道生态整治建筑物新结构，航道整治工程施工新技术、新装备、新工艺，生态航线规划技术，河流生态涵养区建设标准体系。