水利水电工程系主要承担水利水电工程专业的建设和教学工作，现有专业教师42人，其中教授14人，副教授20人。水利水电工程专业开办于2001年，是重庆市唯一培养水利水电类高级人才的本科专业，也是学校培养水利水运交通基础设施建设应用型人才的骨干专业。本专业2011年被评为重庆市特色专业建设点，2012年获批为重庆市“专业综合改革试点”专业和重庆市“大学生校外实践教育基地”建设点，2013年入选教育部“卓越工程师教育培养计划”试点专业和重庆市“三特行动计划”首批特色专业建设点，2015年作为主要专业获批重庆市“三特行动计划”特色学科专业群，2019年入选重庆市“一流专业”建设点，2022年通过中国工程教育认证，入选国家“一流专业”建设点。